이것은 그저 단백질 상호작용에 대한 이야기일 뿐.

IP, Pulldown, 정제된 단백질간의 상호작용 측정 등을 통해서 두 단백질이 ‘붙는다’ 고 하더라도 그것은 결국 in vitro에서의 이야기.

두 단백질이 진짜로 생물학적으로 의미있는 ‘상호작용’ 을 하려면

– 세포 내에서 각각 적당한 위치에 ‘같이’ 있어야 하겠지. 지구 반대편 아니 핵과 플라스마 멤브레인으로 로컬라이징되는 두 개의 단백질은 제 아무리 잘 붙는다 하더라도 서로 만날 일이 없으므로. Out of sight, Out of Mind

– 적당한 시간에 ‘같이’ 있어야 하겠지. 디벨롭먼트 초반에 왕창 발현되다 나중에 발현안되는 단백질 A와 그 반대인 단백질 B는 결코 생물학적으로  ‘상호작용’ 을 하지 않는다. 내가 십오년만 젊었더라면

– 적당한 장소와 적당한 시간에 ‘같이’ 있더라고 하더라도 이들의 상호작용을 방해하는 무언가가 있으면 그건 시망. 비록 Kd 는 낮지만 이미 다른 단백질이 같은 사이트에 철퍼덕 붙어있는 상황에서의 상호작용은 어렵고, 그리고 Interaction Site에 포스포릴레이션, 스모일레이션, 유비퀴틸레이션 등  상호작용을 방해하는 뭔가가 존재한다면 두 단백질의 상호작용은 일어나지 않는다.

– 제 아무리 상호작용이 잘 되면 뭐해. 한 쪽의 절대량이 적으면 그 역시 무의미. 발현 안되는 데는 장사없습니다.

즉, 두개의 단백질이 만나서 의미있는 상호작용을 하려면 위에서 서술한 조건이 다 만족되어야 하겠고, 이것은 반드시 정제된 단백질간의 Kd 측정으로만으로는 설명될 수 없는 이야기. 즉, 비록 친화력이 상대적으로 떨어지는 단백질이라고 하더라도 어떻게 이런 제반 조건이 잘 갖추어지면, 친화력이 더 강한 단백질을 ‘제치고’ 다른 단백질에 영원히 철퍼덕 붙어있는 경우도 참 많을 것 같다는 생각..
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근데….나 지금 단백질 상호작용에 대한 이야기 쓰고 있는 거였던가? 웬지 다른 소재의 이야기인 것 같다는 착각이 들지만 착각 맞아요. 이것은 그저 단백질 상호작용에 대한 이야기일 뿐. 진짜라구요. 레알.