RNA-seq software 자동 설치 스크립트

컴마다 일일히 깔기 귀찮아서 막 만들어봄. 맥 최신 버전 기준. 안돼도 뭐라카지마라. 내 컴에선 됨. ㅋㅋ 필요한 거 있으면 계속 추가할 것임. 순전히 개인 용도로 기억해 두기 만든 것이기 때문에 안돼도 책임안짐 ㅋ

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# RNA-Seq Tools Installer
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#  madscientist.wordpress.com
#  Last modified at May 1, 2011
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BOWTIE="bowtie2-2.0.0-beta5"
CUFFLINK="cufflinks-1.3.0.OSX_x86_64"
TOPHAT="tophat-2.0.0.OSX_x86_64"
SAMTOOL="samtools-0.1.18"
BWA="bwa-0.6.1"

if [ ! -d "./bin" ]; then
	mkdir bin
fi

if [ ! -d "$BOWTIE" ]; then
	wget http://downloads.sourceforge.net/project/bowtie-bio/bowtie2/2.0.0-beta5/$BOWTIE.zip
	unzip $BOWTIE.zip
	make --directory=$BOWTIE
	rm $BOWTIE.zip
	cp $BOWTIE/bowtie2 $BOWTIE/bowtie2-align $BOWTIE/bowtie2-build $BOWTIE/bowtie2-inspect bin
fi

if [ ! -d "$CUFFLINK" ]; then 
	wget http://cufflinks.cbcb.umd.edu/downloads/$CUFFLINK.tar.gz
	tar -xvzf $CUFFLINK.tar.gz
	rm $CUFFLINK.tar.gz
	cp $CUFFLINK/cuffcompare $CUFFLINK/cuffdiff $CUFFLINK/cufflinks $CUFFLINK/cuffmerge $CUFFLINK/gffread $CUFFLINK/gtf_to_sam bin
fi


if [ ! -d "$TOPHAT" ]; then
	wget http://tophat.cbcb.umd.edu/downloads/$TOPHAT.tar.gz
	tar -xvzf $TOPHAT.tar.gz
	rm $TOPHAT.tar.gz
	cp $TOPHAT/bam2fastx $TOPHAT/bam_merge $TOPHAT/bed_to_juncs $TOPHAT/closure_juncs $TOPHAT/contig_to_chr_coords $TOPHAT/fix_map_ordering $TOPHAT/gtf_juncs $TOPHAT/gtf_to_fasta $TOPHAT/juncs_db $TOPHAT/list.txt $TOPHAT/long_spanning_reads $TOPHAT/map2gtf $TOPHAT/prep_reads $TOPHAT/sam_juncs $TOPHAT/segment_juncs $TOPHAT/sra_to_solid $TOPHAT/tophat $TOPHAT/tophat-fusion-post $TOPHAT/tophat2 $TOPHAT/tophat_report bin
fi

if [ ! -d "$SAMTOOL" ]; then
	wget http://downloads.sourceforge.net/project/samtools/samtools/0.1.18/$SAMTOOL.tar.bz2
	tar -xvjf $SAMTOOL.tar.bz2
	rm $SAMTOOL.tar.bz2
	make --directory=$SAMTOOL
	cp $SAMTOOL/samtools $SAMTOOL/bcftools/bcftools $SAMTOOL/bcftools/vcfutils.pl bin
fi 

if [ ! -d "$BWA" ]; then
	wget http://downloads.sourceforge.net/project/bio-bwa/$BWA.tar.bz2
	tar -xvjf $BWA.tar.bz2
	make --directory=$BWA
	rm $BWA.tar.bz2
	cp $BWA/bwa $BWA/qualfa2fq.pl $BWA/solid2fastq.pl $BWA/xa2multi.pl bin
fi

echo Append profile or profile2 in the end of your .bash_profile!
echo 
echo --------------------------------------------
echo RNASEQ=\"$(PWD)/bin\" >> profile
echo BOWTIE=\"$(PWD)/$BOWTIE\" >> profile
echo CUFFLINK=\"$(PWD)/$CUFFLINK\" >>profile
echo SAMTOOL=\"$(PWD)/$SAMTOOL\" >>profile
echo BWA=\"$(PWD)/$BWA\" >> profile
echo export RNASEQ >>profile
echo PATH=\"\$RNASEQ:\$PATH\" >>profile
echo export PATH >>profile
echo BOWTIE=\"$(PWD)/$BOWTIE\" >> profile2
echo CUFFLINK=\"$(PWD)/$CUFFLINK\" >>profile2
echo SAMTOOL=\"$(PWD)/$SAMTOOL\" >>profile2
echo BWA=\"$(PWD)/$BWA\" >> profile2
echo PATH=\"\$BOWTIE:\$CUFFLINK:\$SAMTOOL:\$BWA:\$PATH\" >>profile2 
echo export PATH >>profile2

좀 잉여스럽지만 커맨드 라인으로 이런 잡일을 할때는 가급적이면 스크립트 형식으로 저장해 두는 게 좋음. 일단 1. 무슨 짓거리를 했는지 기억하기 편하고 2. 스크립트 형식으로 만들어 두면 나중에 다른 컴에서 동일한 일을 반복할 때 편하기 때문이다.

하여간 이 시퀀싱넘들은 이전에도 그랬지만 하나하나씩 일일히 찾아가서 깔아야 되고 시르다 ㅋ 단백질구조 하는 성님들처럼 CCP4 라든지 PHENIX 에 있는거 딱 두가지만 깔면 수백가지 소프트가 다 한큐에 깔려버리고 웬만한거 다 할수있는디…으이그 증말 못살아..

6 thoughts on “RNA-seq software 자동 설치 스크립트

  1. 이런거 자동으로 샤샤삭… 만들어주고 최신 연구동향 파악해서 업데이트 해주는 subscription 같은거 안파나…ㅋㅋㅋ

  2. ㅋㅋㅋ 안그레도 이거 스크립트로 만들어놔야지 하고 있었는데…만들었넹 ㅋㅋ 근데 이거 가끔 업데이트나 권한오류로 잘 안될때 있음…그리고 boost깔아야되는데없는듯?

    • Boost나 Samtool library는 tophat 이나 cufflinks 직접 빌드할때는 필요한데 프리컴파일 바이너리 받아서 하면 이미 다 스태틱 링크되어 있기때문에 따로 안깔아도 돼…

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