지놈계의 성골/진골/6두품

조 (조밥 먹는다 할때 그때 조)지놈 2건이 Nature Biotechnology에 등장.

거의 마지막 생거 지놈이 되지 않을까도 싶네

동일한 것의 BGI NGS 지놈

Assembly Stat 를 비교해보면 아직까지 De Novo Assembly에서 생거와 기타의 차이는 넘사벽 수준인데, 생거의 경우 N50 Contig/Scaffold가 126.3KB/47.3MB, 개수가 4/982개인데 NGS는 25.4Kb/1.0Mb, 136/4667..뭐 쉽게 말하자면 생거로 한 것에 비해서 NGS로 한 지놈이 5-10배는 더 쪼가리쪼가리가 나있는 상황 ㅋ 물론 생거쪽이 아마 비용적으로 수십배는 들었고 과연 이러한 추가 비용으로 얻을 수 있는 데이터가 과연 값을 하느냐는 좀 의문의 여지가 남지만..

여튼 생거 머신은 이제 다들 시퀀싱 센터에서는 빼버렸으니 이제 신규로 진행될 프로젝트로 생거에 기반한 지놈이 나올 일은 없을 듯. (근데 분석의 비용에서는 결코 NGS 드노보 분석이 싸지 않을듯 ㅋ)

현재의 상황을 생각해 보면 아직까지 시퀀싱이 안된 식물, 동물들은 기존에 시퀀싱된 네임드 동식물, 모델생물에 비해서 훨씬 구린 퀄리티로 나올 것이라는 것. NNGS 기기가 생거보다 더 길고 퀄리티 좋은 리드를 뽑아내기 전에는. 개인 지놈을 생거시퀀싱으로 한 유일한 인간인 벤터가 생거자부심 돋듯이 (항상 이야기하는게 아 나 빼고 다른 개인지놈은 다 저질 NGS 드래프트야 드립 ㅋㅋㅋㅋ) 동식물 지놈에도 성골, 진골, 6두품이 있는셈인듯.

성골은 생거로 하고 피니싱까지 꼼꼼하게 다된 넘들. 즉 사람, 초파리, 대장균, 마우스, 아라비답시스 등.
진골은 생거로 그냥 WGS만 한 넘들, 개, 소, 말 등등.
6두품은 NGS 로 때운 넘들…뭐 팬더라든가…
아직까지 지놈도 없는 넘들은 향…향소부곡? (아 호랑이, 사자, 백수의 제왕 좋아하네 너넨 이 바닥에서는 천민이여 ㅋㅋㅋ)

지금까지의 NGS 기기경쟁은 쓰루풋만을 추구해 왔으나, 이제는 절실히 퀄리티 (Read Length, Quality) 에서의 개선이 요구되는 상황이라고 생각함. 그렇지 않다면 생거 시절에 만들어진 모델 생물의 지놈 퀄리티와 NGS 시절에 훨씬 질낮은 데이터로 만들어진 ‘기타 잡생물’ 의 어셈블리 퀄리티가 차이나는 현상이 계속될 듯하다는. 나노포어 느님이 우리를 구해줄까? 글쎄 ㅋ

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