오늘의 논읽남 : Type III Effector proteins as synbio tool and etc.

Lim et al. Bacterial virulence proteins as tools to rewire kinase pathways in yeast and immune cells, Nature 2012

박테리아 유래의 Type III Effector Protein. 그중에서 Protein Kinase 를 Inactivation (Acetyltransferase 등) 하는 단백질을 이용하여 Kinase Signaling을 조절하는 Feedback Loop를 만듬.

Type III Effector Protein을 잘 이용하면 여러가지 Eucaryotic Cell 의 특성을 조절하는 modifier 로 이용하여 Synthetic Biology 놀이에 쓸수있는 장난감이 될 수 이씀. 뭐 이런 드립.

“아니 뭐 자연계에 실재하지 않는거 만드는게 무슨 바이올로지여 걍 공학나부랭이지” 라고 생각하는분도 있겠지만,  여기에 대해서는 위 논문 Corresponding Author 아저씨가 썰 풀어 놓은 거 가 있으니 한번 보는 것도 좋을듯. 파인만 아저씨가 죽기 전에 썼다는 “What I cannot create, What I do not  understand” 와도 일맥상통하는 이야기일지도.

Signaling 조절하고 피드백 루프 만드는 일은 그냥 웬델 횽아가 하시도록 하구요..나중에 시간과 여건이 주어진다면 나는 ‘내 단백질’ 을 가지고 어떻게 Cell motility 를 컨트롤해볼 수 있지 않을까 하는 구체적인 아이디어가 있음. 그러나 여백이 부족하여 적을 수가 없…(쿨럭)

Rocca et al., Discovery of Western European R1b1a2 Y Chromosome Variants in 1000 Genomes Project Data: An Online Community Approach, Plos One 2012

저자들의 소속이 다 Independent Researcher. 즉 취미로 1000 Genome 데이터 받아다 분석해서 논문까지 쓰는 더쿠들이라 이말입니다. 이 사람들은. ㄷㄷㄷ

Apparent Non-Canonical Trans-Splicing Is Generated by Reverse Transcriptase In Vitro Plos One 2010

사실 RNA 시퀀싱을 할때 Reverse Transcriptase (RT) 를 통해서 cDNA 로 바꾸고 할 수 밖에 없는데, 여기서 오는 한계 중의 하나라면 RT의 fidelity가 ㅈㄴ게 낮기 때문에 수많은 Error 가 유발된다는 것 하나 (대충 1kb에 하나는 있을껄.ㅋ) 그리고 Template Switching 이라고 해서 죽죽 Reverse Transcription 을 하다가 homolog 한 region이 있으면 휙 건너뛰는 현상이 있다는 것.

이것때문에 ‘splicing isoform’의 artifact가 나올 수 있다는 논문.

따라서 mRNA Sequencing을 통해서 Alternative Splicing 등을 볼때는 이렇게 Template Switching 에 의한  artifact가 있을 수 있다는 것에 주의를 기울여야 한다는 것.  특히 noncanonical splicing juction 인 경우에는 이게 실제로 스플라이싱된 것인지 RT 과정에서 Template Switching에 의해서 일어난 아티팩트인지 잘 구별하는게 좋을껄..하는 이야기.

가령 이런 논문을 보면

High-resolution human cytomegalovirus transcriptome PNAS 2010

RT의 Template Switching에 의한 artifact를 배제하기 위한 필터링에 대해서 좀 언급을 해놔슴.

오늘도 본업과는 관계없는 논문이나 읽으면서 놀고 있는 논일남 되게씀니다. 내일도 또 만나염. ㅋ

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