오늘의 논읽남 :A selective jumonji H3K27 demethylase inhibitor modulates the proinflammatory macrophage response

Kruldenier et al., A selective jumonji H3K27 demethylase inhibitor modulates the proinflammatory macrophage response, Nature 2012

http://www.nature.com/nature/journal/v488/n7411/full/nature11262.html
A selective jumonji H3K27 demethylase inhibitor modulates the proinflammatory macrophage response

중요한 epigenetic mark인 H3K27me3 마크의 봉인해제를 하는 jumonji demethylase를 선택적으로 inhibition 하는 chemical 을 만든 이야기. Structure based drug discovery의 현황과 한계(?)를 보여주는 논문인 듯함.

1. H3K27me3 이 포함된 히스톤 펩타이드 쪼가리와 demethylase 의 complex 구조 구하고

2. 이를 기반으로 GSK에서 보유한 200만종의 케미컬 라이브러리를 스크리닝해서 얻은 hit 를 찝적거려서 lead chemical 제조. 그리고 lead와의 결합구조 구함. (물론 이런 스터디를 하기 위해서 diffraction을 올리기 위해서 이것저것 단백질을 뜯어고치는 노가다를 했으나 그런건 중요하게 안다룸. ㅋ 그런짓거리 하려고 구조하는 사람 회사에서 아직도 킵하고 있는것이고…;;; )

 

 

음 근데 이거 펩타이드 결합구조 참고해서 디자인한 케미컬 맞어? ㅋ

3. 그래서 다른 jumonji family의 demethylase는 그닥 반응하지 않고 H3K27me3 demethylase 특이적인 것임을 확인. 다른 잡스러운 카이네이즈니 뭐니에도 반응하지 않는다는 것을 확인

다른 유사품 jumonji 도메인에는 반응안하는 케미컬 올 ㅋ

4. 막투과성을 개선하기 위해서 좀 더 찝적.이렇게 최적화된 처리해보니 macrophage 사이토카인 생성을 줄인다드라 뭐 등등..근데 뭐 셀레벨의 데이터. 동물처리해서 뭐..아 몰라 아직 ㅋㅋ

6. 그래서 뭐 약으로 쓸모있음? 에 대한 결론은 아직…ㅋㅋ 근데 초기단계에서 논문 던지는 걸로 봐서 그닥 약으로는 쓸모없는것 같다는 스멜이 풍기기도 한다만 뭐 그건 지금 내가 알바 아니고..

그러니 빅팜에서 단백질 구조하는 사람을 이제 잘 안뽑나 ㅠㅠ

….결론은 2백만종 케미컬 라이브러리 있는 GSK나 할수있는 일임. ㅋ 기껏 구조하나 풀어놓고 Structure based drug discovery 한다고 깝치면 요즘 안된다…;;;;

 

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