ENCODE 단상

ENCODE 떡밥을 좀..

“휴먼 지놈의 80% 정도는 function이 있다”라는 이야기가 확대해석되서 많은 키배를 유발하고 있는데 여기에 대한 단상.

일단 ENCODE에서 말하는 ‘function이 확인된 지놈영역 80%’ 이라는 이야기는 해당 부분에 대한 biological function 이 확인되었다는 당연히 아니고, 단지 현재 엔코드에서 ‘노..노논코딩 DNA에도 펑션이 있…있있다능!’ 의 취지로 수행된 온갖 개잡다한 실험의 총합, 즉 엑손+인트론(트랜스크립션은 되고있으면 펑션이 있는거야 있어야 행), 논코딩 RNA, CHIP-Seq peak, DNase Footprinting 등등 수십가지의 셀라인에서 하나라도 피크가 나온 영역을 몽땅 합치면 휴먼 지놈의 80% 정도가 된다는 이야기임. 즉 이를 이야기하기 위해서 ‘biochemical function’이라는 용어를 사용. ㅋ

당연히 이렇게 ‘biochemical function’ 이 확인된 영역 중이 과연 어떤 functional significance를 가질지는 앞으로의 연구대상일 뿐이고, 그리고 이런 식의 하이스루풋 실험의 속성상 당연히 많은 false positive/true negative 가 있을 것이고, 그리고 여기서 사용된 셀라인들은 대개 established cell line 이므로 과연 실제의 physiological 한 조직과 세포를 얼마나 반영하는지에 대한 의문이 있지만. 어쨌든 여기서의 bottom line은 noncoding region에도 중요한 영역이 꽤 많이 있을 수 있겠고, 최대한 낙관적으로 보면 80% 정도까지 ‘완전히 잉여’ 는 아닌 것 같다라는 이야기 정도로 해석할 수 있겠음. (나머지 20% 는 정크 확ㅋ정 인가….ㅋㅋ)

따라서 가령 분자생물학, 유전학을 하는 사람들이 흔히 비판하듯이, 뭔가를 실제로 낙아웃이든 낙다운이든 시켜봐서 이것이 무슨 형질에, 아니면 셀레벨에서라도 변화가 있어야 뭔가 펑션이 있다고 주장하지 하는 어그로를 끌기 좋은 플젝이기도 한데 (게다가 얘내들 돈 많이 씀 ㅋ 아놔 얘내들이 돈 다가져가서 우리 연구비 없거던여? 하는 식의 분노를 사기도)

그러나 여기에도 이런 식의 반론은 펼 수 있을 것 같다는..ㅋㅋㅋ

‘님 하나 사회에서 빠진다고 사회에 특별히 문제가 생길 거 같냐? 당신이 다니는 직장에 문제가 생겨? 그러면 당신은 그저 잉여이고 junk human인거야? 엉?”

#무리수_돋는_비유_돋네

….뭐 여튼 단순히 단백질을 코딩하는 엑손의 총합은 생물종의 복잡성과 그닥 비례하지 않지만 전체적인 지놈의 크기는 어느정도 생물종의 복잡성과 비례를 한다는 것을 봤을때 단백질은 안 만들면 걍 정크 ㅋ 라는 고전적인 ”junk DNA’ 드립은 좀 아닌 것 같다는 암시는 주고 있지만, 뭐 그거 어느정도까지일지는 글쎄..10%? 20%? ….80% 까지는 좀 오바 쩌는 것 같다는 느낌이지만. ㅋ

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