Junk is not the same with gabage

지놈/인포매틱스계의 ‘진중권’급 말빨을 자랑하는 Sean Eddy 횽의 Encode에 대한 커멘트

한마디로 ENCODE 넘 언플 쩌네염. 휴먼 지놈의 80%가 functional하다규? 정크는 정크여…라는게 요지.

근데 넘 주옥같은 드립들이 많아서 소개를 안할 수가 없다.

As Sydney Brenner once said, there’s a difference between junk and garbage; garbage is stuff you throw out, junk is stuff you keep because it just might be useful someday.

시드니브레너옹이 말씀하셨듯이 잡동사니(junk)와 쓰레기(gabage)에는 차이가 있삼. 쓰레기는 그냥 갖다버려야 되는거고, 잡동사니는 언젠가 쓸모가 있을지도 몰라서 그냥 킵하는 거라능.

즉 junk DNA 할때의 junk는 쓰레기가 아니라 잡동사니다! 지금은 쓸모가 없을지도 몰라도 그냥 킵하는 거. ㅋ

또 재미있는 부분..

ENCODE calls a piece of DNA “functional” if it reproducibly binds to a DNA-binding protein, is reproducibly marked by a specific chromatin modification, or if it is transcribed. OK. That’s a fine, measurable operational definition. (One might wonder, why not just call “DNA replication” a function too, and define 100% of the genome as biochemically functional, but of course, as Ewan Birney (the ENCODE czar) would tell you, I would never be that petty. No sir.) I am quite impressed by the care that the ENCODE team has taken to define “reproducibility”, and to process their datasets systematically.

엔코드 갸들은 뭐 디엔에이 결합단백질에 붙거나 뭐 크로마틴 모디피케이션에 관여하거나, 아님 알엔이이로 전사 (transcription) 되는 영역은 아 이거 다 펑셔널한 영역임 해서 80% 수치를 냈는데 그거 좀 우낌. 아예 모든 영역은 DNA Replication 에 의해서 100% 복제되니 모든 지놈 영역이 100% 펑셔널하다고 하지 왜 째째하게 80%야? ㅋㅋㅋㅋㅋㅋㅋ

Thought experiment: if you made a piece of junk for yourself — a completely random DNA sequence! — and dropped it into the middle of a human gene, what would happen to it? It would be transcribed, because the transcription apparatus for that gene would rip right through your junk DNA. ENCODE would call the RNA transcript of your random DNA junk “functional”, by their technical definition. And if even it weren’t transcribed, that would be because it acted as a different kind of functional element (your random DNA could accidentally create a transcriptional terminator).

한번 생각해 보삼.  걍 내가 대충 막 DNA 단편 만들어서 사람유전자 가운데에 푹 끼워넣었다고 쳐. 그럼 아마 내가 맘대로 만들어놓은 그 잡동사니 DNA 도 다 알엔에이로 전사되겠지? 그럼 그거 펑셔널한 디엔에이인거야? 그런거야? ㅋㅋ

어떻게 보면 ENCODE에 대해서 부정적인 이야기를 하는 사람들은 주로 미국과학자들이고, ENCODE의 경우 분석이 주로 영국에서 이루어졌다는 것을 생각해보면 이러한 ENCODE 디스의 경우에는 전통적인 대서양을 건넌 미쿡과 영쿡넘들의 신경전과 관련이 있을지도 모른다는 생각이 든다능. ㅋ

One thought on “Junk is not the same with gabage

  1. 위 링크 건 글의 리플을 단 사람들이 다 네임드…역시 네임드 과학자여야지 리플 다는 사람이 네임드가 되는구먼.

    특히 Phil Green (Phred/Phrap)의 커멘트가 ㅋㅋㅋ

    어이 씬~ 글잘썼는데? 한가지 제안 하나 : 시드니 브레너가 한 ‘잡동사니/쓰레기’ 드립은 재활용 시대에 좀 맞지 않는 것 같애. 내가사는 시에틀에서는 쓰레기를 다음과 같이 구분하거던. 일단 ‘쓰레기’ (garbage) 가 있는데 그건 일단 매립지에 버리고, ‘재활용쓰레기’ (recyclables) 은 재활용하고, 나머지는 ‘yard waste’ 라고 하는데 여기는 음식물쓰레기라든지 나뭇잎같이 태울 수 있고, 천천히 분해되는 것들이거던. 아마 ENCODE 야들이 한 이야기는 정확한것 같아. 지놈은 대개 잡동사니가 아니고..대개 ‘yard waste’ (가끔 재활용쓰레기가 섞여있는) 인 셈이지 ㅋ

    그리고 또 하나. 사실 과학발견을 잘못 전달하는건 대개 언론의 탓이 크지만, 지금 경우에는 언론에 대해서 이야기한 ENCODE 에 관여한 과학자들 문제가 큰것 같아. 사실 다 알만한 사람들이기 때문에 누구라고 딱히 지적해서 이야기하진 않겠지만, 잘 알만한 아저씨들이 언론에다 황당한 이야기하는거 뭥미..좀 삐딱하게 보자면 아마도 그거 다 돈 때문인 것 같아. 즉 지놈 대부분에 뭔가 알수없지만 뭔가 기능이 있다고 대중에게 떠들어야 앞으로 이들이 무슨 일을 하는지에 대해서 연구할 돈이 나오지. 그렇지만 이렇게 해서 생기는 문제점이 뭔지 아냐. 대중들이 아마 지놈연구하는 사람들 븅신이라고 생각할거아냐. 우리가 처음에 와 지놈 다 잡동사니 투성이에요 했다가 ‘앗. 아닌걸 잡동사니 아냐아냐’ 하는건 좀 글찮아…사실 처음에 한 말이 맞는데도 이런 건 더 븅신 같지…

    Hi Sean. Great job! A modest suggestion: I think we need to update Sydney’s (or Susumu’s) ‘junk / garbage’ terminology, which seems a bit outmoded in our sustainability-oriented era. Here in green Seattle, we have a multiplicity of terms for household waste (also for rain, as you might imagine), and the different types have different fates. There is ‘garbage’, which goes to a landfill. There are ‘recyclables’, which get recycled. And there is ‘yard waste’, which includes all sorts of compostable, biodegradable stuff (including food & leaves) and which goes somewhere to molder and slowly decay. I submit that the ENCODE folks are in fact correct: the genome is not mostly ‘junk’, it is instead mostly ‘yard waste’ (perhaps with a few recyclables thrown in).
    One other comment: although often the press deserves much of the blame for miscommunicating scientific findings, in this particular case it should all go to the ENCODE project scientists who talked to them. I won’t name names, since many of them are my friends, but in these news articles there are some appalling quotes from people who should know better. My perhaps overly cynical suspicion is that they have an undeclared financial interest in claiming most of the genome has (unknown) functions, since that means more research money to figure it all out. But one consequence could be to make the public think genome scientists are clueless. We don’t exactly look competent when we confidently say first ‘junk’, then ‘oops, no junk’, particularly when we were right the first time.

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