Radial Profile Plugin을 이용한 원형 물체의 Profile 측정 (ImageJ)

잊을까봐 적어놓는 ImageJ PlugIn 사용법.

Screenshot 2015-01-06 23.26.38

요즘은 요런 그림을 자주 들여다보는데 (쥐 난자의 형광염색사진임. 적색은 actin, 청색은 DNA, 초록색은 ‘어떤’ 단백질) 이런 것을 보다보면 intensity의 profile이 궁금할때가 있음. 그럴때는 대충 이렇게 선을 선택해서

Screenshot 2015-01-06 23.30.21

Screenshot 2015-01-06 23.31.06

하면

Screenshot 2015-01-06 23.32.02

선을 따라서 채널별로 플롯을 그릴수도 있고, 이것을 데이터로 익스포트할수도 있다.

Screenshot 2015-01-06 23.33.03

그러나 위의 녹색 채널과 같이 잡시그널이 많은 경우에는

Screenshot 2015-01-06 23.33.51

요렇게 노이즈가 많이 나옴. 이걸 해결할 수 있는 방법은 없을까?

Screenshot 2015-01-06 23.35.39

가령 요런 식으로 여러개의 선을 그려서 측정한 다음 평균을 내면 어떨까? 그러나 손으로 이걸 하려면 오차도 많이 나고 좀 무리데스.

이런 경우에 쓰라고 어떤 양반이 ImageJ Plugin을 만들어 놓은 게 있다.

Radial Profile Extended 

위의 링크에서 Radial_Profile_Angle_Ext.jar 를 받고 ImageJ의 PlugIn 폴더에 넣는다. (맥인데요, 아이콘만 있고 폴더는 어디있어염? 하는 분이라면 이대로 한다)

Screenshot 2015-01-06 23.39.56

여튼 해당 플러그인을 설치한 후 PlugIn메뉴에서 “Radial Profile Angle”을 선택

Screenshot 2015-01-06 23.43.38

요런 메뉴가 뜨고, 데이터 화면에는 아래와 같이 원이 그려지는데, 저 원을 주변으로 profile이 그려진다. 화살표를 이용하여 원호의 중심을 조절하거나 Up/down으로 원의 반경을 조절할 수도 있고, 메뉴에서 적절히 조절도 가능.

Screenshot 2015-01-06 23.47.30

그 다음에 “Calcurate ROI Profile”을 선택하면

Screenshot 2015-01-06 23.48.26

전 영역에서 평균된 intensity profile이 표시됨.

원이 완벽하지 않은 경우에는 아래와 같이 일부 각도에 대해서만 profile을 재는 것이 좀 더 샤프한 profile을 얻을 수 있는 방법.

Screenshot 2015-01-06 23.51.15

이전보다 샤프하지?

Screenshot 2015-01-06 23.52.35

녹색 채널

Screenshot 2015-01-06 23.53.17

두개의 데이터를 export하여 플로팅을 하면

Screenshot 2015-01-07 00.11.27

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